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Description

Population Genetic Data Analysis Using Genepop.

Makes the Genepop software available in R. This software implements a mixture of traditional population genetic methods and some more focused developments: it computes exact tests for Hardy-Weinberg equilibrium, for population differentiation and for genotypic disequilibrium among pairs of loci; it computes estimates of F-statistics, null allele frequencies, allele size-based statistics for microsatellites, etc.; and it performs analyses of isolation by distance from pairwise comparisons of individuals or population samples.

genepop-shiny

Le projet genepop-shiny utilise shiny afin d'offrir une interface au package genepop

Architecture

├── genepop-shiny/
│   ├── app.R
│   ├── R/
│   │   ├── menugauche.R
│   |   ├── helper_functions.R  
│   ├── pages/
│   ├── opts/
│   ├── www/
│   ├── README.md
│   ├── config.yml
│   ├── Dockerfile
│   ├── application.yml

Le fichier app.R définit la structure globale de l'apppli, avec ses deux composantes :

  • UI pour l'aspect affichage des différentes pages
  • server pour l'aspect réaction aux différentes actions sur les composants de l'interface.

Le design fait appel à shinydashboard.

Les menus sont définis dans le fichier menugauche.R.

Chaque menu principal est défini par une fonction menuItem et chaque sous menu par une fonction menuSubItem.

Pour chaque menu on défini le nom de la page (tabName) à charger suite à un clic.

La définition des composants des pages se fait dans les fichiers pages/pages_def_* (regroupés par option de genepop)

La définion de la logique des réactions lors des modification des composants de chaque page est dans les fichiers opts/opt**.R

Dépendance R

Personnalisation

Le fichier config.yml est à votre disposition afin de personnaliser genepop-shiny.

Utilisation

  • Première étape : Dans l'onglet "Load Data", vous devez charger votre fichier de données au format genepop. Vous pouvez le voir dans le style brut ou dans une table, dans la partit "File content".

  • Deuxième étape : Rendez-vous dans une des options afin de réaliser une des fonctionnalités de genepop. Après une sélection des paramètres d'entrée, utilisez le bouton "Run" pour lancer les calculs.

  • Troisième étape : une fois les calculs terminés vous pouvez visualiser les résultats, ainsi que les télécharger à l'aide du bouton "Dowload".

Metadata

Version

1.2.2

License

Unknown

Platforms (75)

    Darwin
    FreeBSD
    Genode
    GHCJS
    Linux
    MMIXware
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