Taxa Waterbeheer Nederland voor R.
twn - TWN-lijst voor R
Het doel van twn is tweeledig. Ten eerste maakt twn het eenvoudig om de TWN-lijst in R te kunnen raadplegen en gebruiken. Ten tweede heeft twn diverse functies die het gemakkelijk maken om de TWN-lijst te gebruiken bij de analyse van ecologische data.
De website voor twn is te vinden op https://redtent.github.io/twn/
Installatie
‘twn’ is te installeren vanaf CRAN.
install.packages("twn")
De ontwikkelversie is te installeren van GitHub met:
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("RedTent/twn")
TWN lijst
twn bevat de complete TWN-lijst (twn_lijst). De datum van de TWN-lijst wordt getoond bij het laden van de package.
library(twn)
#> twn gebruikt de TWN-lijst van 2023-06-20
dplyr::glimpse(twn_lijst)
#> Rows: 28,044
#> Columns: 11
#> $ taxontype <chr> "Macrophytes", "Macrophytes", "Macrophytes", "Macrophytes",…
#> $ taxonname <chr> "Abies", "Abies alba", "Abies concolor", "Abies nordmannian…
#> $ author <chr> "P. Miller 1754", "C. Linnaeus 1753", "(G. Gordon et R. Gle…
#> $ taxongroup <chr> "Gymnospermae", "Gymnospermae", "Angiospermae", "Gymnosperm…
#> $ taxonlevel <ord> Genus, Species, Species, Species, Species, Species, Species…
#> $ parentname <chr> "Pinaceae", "Abies", "Abies", "Abies", "Abies", "Abies", NA…
#> $ refername <chr> NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,…
#> $ literature <chr> "M0001", "M0001", NA, "M0001", NA, "M0001", "M0001", "I0280…
#> $ localname <chr> NA, "Gewone zilverspar", NA, "Kaukasische zilverspar", NA, …
#> $ date <date> 2009-09-11, 2009-12-17, 2009-12-04, 2009-12-17, 2009-12-04…
#> $ status <chr> "10", "10", "10", "10", "10", "10", "91", "10", "10", "10",…
attr(twn_lijst, "datum_twn_lijst")
#> [1] "2023-06-20"
TWN informatie opzoeken
De twn_lijst bevat de complete TWN-lijst. De twn_info-functies (twn_*) maken het makkelijk om informatie uit de TWN-lijst op te zoeken op basis van de taxonnaam.
twn_status(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "20" "10"
twn_voorkeurnaam(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Epidalea calamita" "Bufo bufo"
twn_parent(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Epidalea" "Bufo"
twn_localname(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Rugstreeppad" "Gewone pad"
twn_taxonlevel(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] Species Species
#> 36 Levels: Subforma < Forma < Varietas < Subspecies < Cultivar < ... < Superimperium
twn_taxontype(c("Bufo calamita", "Bufo bufo"))
#> [1] "Amphibia" "Amphibia"
# taxonlevels zijn een geordende factor. Zo is het makkelijk om
# alles boven of onder een bepaald taxonomisch niveau te filteren.
TWN controle
De functies is_twn en is_valid_twn kunnen gebruikt worden om te controleren of taxa voorkomen in de TWN-lijst. Ook kan worden gecheckt of ze een geldige statuscode hebben.
taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo bufo", "Bufo", "Ezel", NA)
is_twn(taxa)
#> [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
# Een taxon uit de TWN met status 91 (TWN error do not use)
invalid <- "Abies veitchii 1861"
is_twn(invalid)
#> [1] TRUE
is_valid_twn(invalid)
#> [1] FALSE
Naast de controle is het mogelijk om te controleren op verschillende eigenschappen van elk taxon zoals het taxontype, het taxonlevel en de status.
is_taxontype(c("Bufo bufo", "Abies"), "Amphibia")
#> [1] TRUE FALSE
is_taxonlevel(c("Bufo bufo", "Bufo"), "Species")
#> [1] TRUE FALSE
is_status(c("Bufo bufo", "Bufo calamita"), "10")
#> [1] TRUE FALSE
Hogere taxonlevels
In sommige gevallen is het handig om soorten te aggregeren naar hogere taxonlevels. twn heeft twee functies die hierbij kunnen helpen: increase_taxonlevel aggregeert naar een gespecificeerd niveau, match_parent aggreggeert o.b.v. een referentielijst. Deze laatste functie is nuttig om soortenlijsten te kunnen matchen. Dit is handig bij het gebruik van ecologische maatlatten en autecologische data.
taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo bufo", "Bufo", "Ezel", NA)
referentie_taxa <- c("Bufonidae", "Epidalea")
increase_taxonlevel(taxa, "Familia")
#> [1] "Bufonidae" "Bufonidae" "Bufonidae" "Ezel" NA
match_parent(taxa = taxa, ref_taxa = referentie_taxa)
#> [1] "Epidalea" "Bufonidae" "Bufonidae" NA NA
Onderliggende taxa
Soms kan het handig zijn om eeen overzicht te maken van de taxa die onder een bepaald ’parent’taxon aanwezig zijn. Dit kan worden gedaan met de functie twn_children.
# Welke taxa vallen er onder de familie van de kranswieren (Characeae)?
twn_children("Characeae")
#> [1] "Chara" "Chara aculeolata"
#> [3] "Chara aspera" "Chara aspera var. aspera"
#> [5] "Chara baltica" "Chara canescens"
#> [7] "Chara connivens" "Chara contraria"
#> [9] "Chara contraria var. contraria" "Chara contraria var. hispidula"
#> [11] "Chara globularis" "Chara globularis var. globularis"
#> [13] "Chara gymnophylla" "Chara hispida"
#> [15] "Chara hispida var. hispida" "Chara intermedia"
#> [17] "Chara pedunculata" "Chara virgata"
#> [19] "Chara vulgaris" "Chara vulgaris var. longibracteata"
#> [21] "Chara vulgaris var. papillata" "Chara vulgaris var. vulgaris"
#> [23] "Nitella" "Nitella capillaris"
#> [25] "Nitella flexilis" "Nitella flexilis var. flexilis"
#> [27] "Nitella gracilis" "Nitella hyalina"
#> [29] "Nitella mucronata" "Nitella mucronata var. gracillima"
#> [31] "Nitella mucronata var. mucronata" "Nitella opaca"
#> [33] "Nitella syncarpa" "Nitella tenuissima"
#> [35] "Nitella translucens" "Nitellopsis"
#> [37] "Nitellopsis obtusa" "Tolypella"
#> [39] "Tolypella glomerata" "Tolypella intricata"
#> [41] "Tolypella prolifera"
Lees meer
In de vignette twn als hulp bij KRW-beoordeling kun je meer lezen over hoe je twn in de praktijk kunt gebruiken. Gebruik hiervoor vignette("krw_beoordeling").